Лицензия на водозаборную скважину — это специальное государственное разрешение на пользование недрами, которое удостоверяет право юридического лица на пользование участком недр в определенных границах в соответствии с указанной в ней целью в течение установленного срока при соблюдении владельцем заранее оговоренных условий. Такая лицензия выдается федеральным органом власти (Роснедра) или органом власти регионального уровня.

Недра являются частью земной коры, расположенной ниже почвенного слоя, а при его отсутствии — ниже земной поверхности и дна водоемов и водотоков, простирающейся до глубин, доступных для геологического изучения и освоения. Недра в границах территории Российской Федерации, включая подземное пространство и содержащиеся в недрах подземные воды, являются государственной собственностью, поэтому государство предоставляет их в пользование на основе лицензии на недропользование.

При лицензировании скважин преследуется две цели — учёт использования подземных вод и мониторинг их безопасности для человека.

Можно выделить несколько задач, которые решает лицензия недропользователя:

1. Мониторинг качества и количества добываемых поземных вод. Бурение лицензированной скважины возможно только после предварительной разведки, а это значит, что вода в такой скважине будет надлежащего качества и в достаточном объёме. В процессе эксплуатации лицензированной скважины на уровне государства будет проводиться мониторинг  и оценка подземных вод.
2. Мониторинг состояния оборудования скважины. Перед выдачей лицензии специалистами будет тщательно проверено всё оборудование водозаборной скважины, вплоть до осмотра труб на предмет наличия коррозии.
3. Безопасность. Возле лицензированной скважины утверждается санитарная зона, в которой запрещены переработка или хранение отходов производства или других, опасных для окружающей среды веществ. Если скважина лицензирована, это значит, что она полностью соответствует санитарным нормам, а значит вода в неё безопасна как для человека, так и для окружающей среды.

Стоит отметить, что за добычу подземных вод без лицензии предусмотрен штраф в соответствии со статьёй 7.3 КОАП РФ, а при повторном выявлении такого нарушения владельцу грозит уголовная ответственность по статье 255 УК РФ.